Η Ολομέλεια του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου με 28 αποφάσεις της (1129 έως 1156/2016) έκρινε ότι η μεταβίβαση των μικρών λιμανιών στο ΤΑΙΠΕΔ έγινε για σκοπούς δημοσίου συμφέροντος και είναι συνταγματική και νόμιμη.Η μεταβίβαση, υπογραμμίζει η Ολομέλεια του ΣτΕ, είναι «επιτρεπτή και δεν προσκρούει στις διατάξεις των άρθρων 106, 25 και 5 του Συντάγματος, αλλά ούτε και στο άρθρο 24 που προστατεύει τον αιγιαλό και την παραλία.
Στην επίμαχη υπουργική απόφαση είχαν περιεληφθεί από τα 900 μικρά και τουριστικά λιμάνια της χώρας, τα 46, τα όποια δεν ήταν αναγκαία για στρατιωτικούς σκοπούς, δεν είχαν παραχωρηθεί σε ιδιώτες, καθώς και εκείνα που δεν είχαν τις στοιχειώδεις εγκαταστάσεις. Ακόμη, επελέγησαν ορισμένοι τουριστικοί λιμένες οι οποίοι μπορούν να ενταχθούν σε ενιαία ιστιοπλοϊκή ή ναυσιπλοική διαδρομή έτσι ώστε να μπορεί να δημιουργηθεί μια μαρίνα (hub-marines, satellite ports).
Οι σύμβουλοι Επικρατείας απέρριψαν ως αβάσιμους όλους τους ισχυρισμούς των Δήμων, κ.λπ., καθώς σύμφωνα με την μνημονιακή νομοθεσία, οι εν λόγω παραχωρήσεις των μικρών λιμένων «αποσκοπούν στην ικανοποίηση συγκεκριμένου δημόσιου συμφέροντος, δηλαδή στη αποπληρωμή του δημόσιου χρέους, βάσει σχετικού συνολικού προγράμματος».Μάλιστα, σημειώνουν ότι με τις επίμαχες μεταβιβάσεις-παραχωρήσεις των μικρών κ.λπ. λιμένων, δεν αίρεται «ο κοινόχρηστος χαρακτήρας των λιμανιών καθώς παραμένει ο έλεγχος του Δημοσίου επ' αυτών.
Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει, οι Δήμοι Γλυφάδας, Σκύρου, Σκιάθου, Πόρου, Μυκόνου, Επιδαύρου Ζακύνθου και Ρεθύμνου, τα Δημοτικά Λιμενικά Ταμεία Πύργου,Νότιας Δωδεκανήσου, Ύδρας, Πόρου, κάτοικοι, Αλίμου, Γλυφάδας, Μυκόνου, Ύδρας, Ρόδου, Κω Ρεθύμνου, Σούδας, Ζακύνθου, Κεφαλληνίας, Ιτέας και Κατακώλου, ο Σύλλογος Εργαζομένων στα Λιμενικά Ταμεία Δυτικής Κρήτης και Η Ανώνυμη Εταιρεία Εκμετάλλευσης Τουριστικού Λιμένα Κω, η οποία έχει μισθώσει από το Δήμο Κω από το 1999 και για 40 χρόνια τον λιμένα της Κω. Ο Δήμος Κω συμμετέχει κατά 90% στο κεφάλαιο της εν λόγω εταιρείας. Με την προσφυγή τους, ανάμεσα στα άλλα, ζητούσαν να ακυρωθεί η από 13.8.2012 απόφαση της Διυπουργικής Επιτροπής Αναδιαρθρώσεων και Αποκρατικοποιήσεων για την μεταφορά στο ΤΑΙΠΕΔ μικρών λιμένων και τουριστικών λιμένων σκαφών αναψυχής της χώρας..
