Μετά από χρόνια εξαγγελιών, υλοποιήθηκε η ένταξη στο Εθνικό Σύστημα Υγείας του Νοσοκομείου Κρατουμένων Κορυδαλλού με τη δημοσίευση στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως του Προεδρικού Διατάγματος 100 «Ένταξη του Νοσοκομείου Κρατουμένων Κορυδαλλού στο Εθνικό Σύστημα Υγείας (ΕΣΥ) και μετονομασία του σε Ειδικό Κέντρο Υγείας Κρατουμένων Κορυδαλλού» (ΦΕΚ Α' 193/20.11.2018).
Η ένταξη του Νοσοκομείου Κρατουμένων Κορυδαλλού στο ΕΣΥ έχει εξαγγελθεί από το 2009 (ν. 3772/2009)και πρόκειται για μία από τις πρώτες δεσμεύσεις της Κυβέρνησης για τη βελτίωση των υπηρεσιών υγείας στις φυλακές μετά από κοινή προσπάθεια των υπουργείων Δικαιοσύνης και Υγείας.
Σύμφωνα με το υπουργείο Δικαιοσύνης «αποτελεί μια σημαντική μεταρρύθμιση, σε δημοσιονομικά δύσκολους καιρούς, που αποσκοπεί στην εκ βάθρων αναβάθμιση των παρεχόμενων υπηρεσιών υγείας για τους κρατουμένους, δηλαδή για μια από τις πλέον ευάλωτες κοινωνικές ομάδες».
Με το ΠΔ 100/2018 το Νοσοκομείο Κρατουμένων Κορυδαλλού αποκτά πλέον διττή μορφή: αποκεντρωμένη μονάδα υγείας της 2ης Διοίκησης Υγειονομικής Περιφέρειας του Υπουργείου Υγείας και κατάστημα κράτησης του Υπουργείου Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και μετονομάζεται σε Ειδικό Κέντρο Υγείας Κρατουμένων Κορυδαλλού.
Ως μονάδα υγείας διασυνδέεται επιστημονικά με το Γενικό Νοσοκομείο Νίκαιας - Πειραιά «Άγιος Παντελεήμων». Παρέχει υπηρεσίες πρωτοβάθμιας φροντίδας υγείας, βραχεία νοσηλεία καθώς και παρακολούθηση και υποστήριξη των χρονίως πασχόντων, καλύπτοντας έτσι όλες τις ανάγκες του πληθυσμού των ασθενών κρατουμένων. Την επιστημονική ευθύνη λειτουργίας για το ιατρικό, νοσηλευτικό και παρακλινικό έργο έχει το Υπουργείο Υγείας, ενώ το Υπουργείο Δικαιοσύνης διατηρεί το έργο της διοίκησης και φύλαξης του καταστήματος. Αυξάνονται σημαντικά οι θέσεις του ιατρικού, νοσηλευτικού και λοιπού επιστημονικού προσωπικού, με κάλυψη όλων των απαραίτητων ειδικοτήτων.
Τέλος, έχει ληφθεί ειδική μέριμνα για την κάλυψη των αναγκών του ιατρείου που λειτουργεί εντός του Καταστήματος Κράτησης Κορυδαλλού Ι, το οποίο πλέον διασυνδέεται και υποστηρίζεται λειτουργικά από το Ειδικό Κέντρο Υγείας Κρατουμένων Κορυδαλλού.